| 赵焕英 赵君朋 方霄 杨颖 张进禄.基因结构分析软件对实时定量PCR引物进行设计和筛选[J].,2015,15(36):7190-7193 |
| 基因结构分析软件对实时定量PCR引物进行设计和筛选 |
| Design and Screen of Primers in Real-time PCR using Gene StructureAnalysis Software |
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| DOI： |
| 中文关键词: 基因结构 引物 实时定量PCR |
| 英文关键词: Gene structure Primer Real-time PCR |
| 基金项目:国家自然科学基金项目(81200783)；北京市财政支持基础临床合作基金项目（13JL28，14JL29）；
北京市财政支持校基金技术类项目（2014JS08） |
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| 中文摘要: |
| 目的：以人丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3, ) 基因结构为例，利用不同生物相关软件分析、
设计和筛选合适的定量PCR 引物。方法：利用NCBI 的Gene 数据库查找人基因的参考序列、UniGene 数据库查找标准
参考序列；并用在线软件如Spidey, UCSC, Ensembl 等分析基因结构；利用Primer3，Oligo6，IDT 等软件进行引物设计；用MFOLD
程序分析基因二级结构后，选择引物可定位的外显子位置；利用电子PCR进行引物扩增特异性的检验；最后通过实验检验引物的
扩增效果。结果：从程序软件推荐的引物列表中筛选出一对能特异扩增人基因的引物。结论：基因结构分析软件有助于定
量PCR 引物的设计。 |
| 英文摘要: |
| Objective:To analyze, design and screen the primers for mitogen-activated protein kinase3 ( ) gene amplified
in real-time quantitative PCR (qPCR) by using different biological softwares.Methods:Searching the sequence of gene in
NCBI gene database; searching standard sequence in Unigene database; analyzing the gene structure with online software such as Spidey,
UCSC and Ensembl; designing the primers with Primer3, Oligo6 and IDT softwares; Localizing the primers in exon following analysis of
secondary structure of gene with MFOLD program; testing the specificity of amplified products with Electronic PCR (ePCR); testing the
efficiency of amplification by experiment.Results:A pair of primers which can be used to specifically amplify gene were
screened from the primer list proposed by software.Conclusion: The softwares for analysis of gene structure are helpful for designing
primers used in qPCR. |
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